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## Présentation du cours
Ce cours s'adresse aux praticiens de la statistique, plus généralement aux personnes ayant à traiter des jeux de données dans des
domaines variés (biologie, physique, sciences humaines,...) et ayant choisit R comme outil de traitement et d'analyse. Il a également
pour objectif d'être un pré-requis à un cours avancé de développement avec R.
Ce cours est une introduction à R et RStudio à destination d'ATMO Auvergne Rhône-Alpes. Il a pour objectif de savoir utiliser des scripts R pour
analyser des masses de données importantes et en sortir des informations sous forme de tableaux, de graphiques ou de cartographie.
Le cours est centré principalement sur le logiciel R et son fonctionnement et même si on utilisera quelques procédures statistiques
classiques au cours des manipulations, ça n'est pas un cours de statistiques.
A l'issue de ce cours, les participants devront être capables de:
- Maîtriser les éléments fondamentaux du langage R.
- Ecrire un code simple.
- Utiliser des procédures statistiques ou de manipulation de données issues de package existants.
- Déchiffrer et utiliser un code plus compliqué (déjà écrit).
- Savoir interfacer R avec Excel.
- Savoir comment représenter les données sous forme graphique et/ou cartographique.
Une **première partie** aborde les raisons du choix de ce logiciel pour le traitement des données, son installation, la documentation,
les packages, les interfaces utilisateurs disponibles (IDE) et une description de RStudio, l'IDE choisit pour ce cours. (IntroR.ipynb,IntroR.Rnw).
......@@ -14,7 +19,7 @@ On abordera quelques utilisations de bases.
Dans une **deuxième partie** on présente les concepts de bases : les objets, les fonctions,... (Objet.ipynb, Objet.Rnw).
Dans la **troisième partie**, on aborde les manipulations de données qui sont des opérations courantes dans la pratique statistique:
importation de données, sauvegarde de données et de résultats, traitements des données manquantes, concaténation des niveaux de
importation de données sous différents formats propriétaires, sauvegarde de données et de résultats, traitements des données manquantes, concaténation des niveaux de
facteurs,... (ManipDon.ipynb, ManipDon.Rnw). On effectuera quelques traitements statistiques sur les données.
Le traitement statistique s'accompagne d'une visualisation claire et synthétique des résultats, nous décrivons dans la **quatrième partie**
......@@ -25,23 +30,24 @@ un algorithme statistique ou une chaine de traitements sur des données. On abo
et de profiling de R et rapidement comment utiliser les ressources multi-coeur actuellement disponibles sur les portables ou
serveurs à notre disposition (ProgrammerR.ipynb, ProgrammerR.Rnw).
On utilise pour ce cours le serveur GITLAB et le serveur de notebooks de GRICAD.
Pour chacune de ces parties, vous aurez des fichiers notebook que vous récupérerez sur le serveur GITLAB de GRICAD, un fichier
[R notebook Markdown](http://rmarkdown.rstudio.com/r_notebooks.html) et une version **pdf*.
[Pour en savoir plus sur les notebooks (jupyter, Rmarkdown)](https://www.datacamp.com/community/blog/jupyter-notebook-r#gs.6iMBYHw)
### Le serveur GITLAB de GRICAD
### Le serveur GITLAB (GRICAD)
L'ensemble des consignes et des fichiers utiles à ce cours est stocké dans le projet [**CED-IntroR**](https://gricad-gitlab.univ-grenoble-alpes.fr/formations-statistiques-R/CED-IntroR)
du serveur gitlab de GRICAD, vous avez accès à ce serveur avec votre <identifiant,mot de passe\> AGALAN (voir menu **Consignes**)
du serveur gitlab de GRICAD, vous avez accès à ce serveur avec votre <identifiant,mot de passe> AGALAN (voir menu **Consignes**)
### Le serveur de notebooks de GRICAD
### Le serveur de notebooks de l'UMS GRICAD
Connectez vous sur [le serveur de notebook de GRICAD](https://jupyterhub.u-ga.fr/) avec votre compte Agalan et utilisez les notebooks fournis
(voir menu **Consignes**).
* Connectez vous sur [le serveur de notebook de GRICAD](https://jupyterhub.u-ga.fr/) avec votre compte Agalan.\n",
* Exemple d'utilisation, suivre le cours \"Introduction\" (**introR.ipynb**), première partie de ce cours,(voir menu **Consignes**)
### Installation de R sur votre portable
Pour un meilleur suivi du cours, nous vous conseillons d'installer R (Version 3.4.x au moins) et [RStudio](https://www.rstudio.com/products/RStudio/)
sur votre ordinateur personnel , de préférence avant la première séance (voir **Informations Pratiques -> Consignes**).
sur votre ordinateur personnel , de préférence avant la première séance.
Il s’agit de deux logiciels libres, gratuits, téléchargeables en ligne et fonctionnant sous Windows, Mac-OS et Linux.
......@@ -57,14 +63,8 @@ lorsqu’on installe R sous Windows ou sous Mac-OS
[Installer RStudio](https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download), téléchargez la version adaptée à votre système :
Nous verrons comment installer de nouveaux package.
Nous verrons comment installer de nouveaux package.",
### Travailler sur des données personnelles
Des exemples simples vous seront fournis pour faire quelques exercices, il est toujours plus efficace de s'éxercer sur des
données personnelles. Ces données auront déjà été nettoyées en partie pour éviter de perdre du temps sur de la validation de
saisie.
Nous travaillerons sur des données fournies par ATMO.
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